به گزارش پرشین خودرو،‌ تاریخ ایرانی نوشت: «طبق رای نهایی دادگاه انقلاب اسلامی مرکز که روز ۱۷ اردیبهشت ۱۳۵۹ صادر شد، فرخ‌رو پارسا به جرم حیف و میل و غارت بیت‌المال و اشاعه فساد و فحشاء در فرهنگ مملکت با به کار گماردن افراد هرزه در سمت‌های مهم وزارتی و ترتیب دادن اردوگاه‌های اختلاطی و زیر پا گذاشتن اخلاق اسلامی، از ائمه کفر و ضلال و از مصادیق روشن مفسدین فی‌الارض تشخیص داده و مطابق نص صریح قرآن محکوم به اعدام و استرداد کلیه اموال منقول و غیرمنقول شد. این حکم ساعت یک و سی دقیقه بامداد روز ۱۸ اردیبهشت ۵۹ به اجرا درآمد.

روزنامه کیهان روز ۲۸ بهمن ۱۳۵۸ از بازداشت فرخ‌رو پارسا و همسرش به حکم دادستانی کل انقلاب و توسط پاسداران کمیته منطقه ۴ مسجد قبا خبر داد و نوشت: «فرخ‌رو پارسا به اتفاق شوهرش سپهبد شیرین‌سخن در منزل پسرش واقع در فرمانیه دستگیر شد. پاسداران که از مدت‌ها قبل خانه پسر او را تحت نظر داشتند، روز گذشته با آگاهی از ورود پارسا و شوهرش به این خانه، به حکم دادستانی انقلاب وارد خانه شدند و او را به اتفاق شوهرش دستگیر کردند.»

شعبه اول دادگاه انقلاب اسلامی از روز دوم اردیبهشت ۱۳۵۹ محاکمه فرخ‌رو پارسا، وزیر اسبق آموزش و پرورش و همایون جابر انصاری، وزیر مسکن و شهرسازی کابینه هویدا را آغاز کرد.

بنا بر کیفرخواست دادستان، مبنای اتهامات و شکایات افراد از فرخ‌رو پارسا بدین شرح بود: شکایت شریف‌زاده مبنی بر این که متهم با استفاده از موقعیت پست خود باعث انحلال مدرسه وی شده، شکایت و اعلام جرم عبدالعلی نجفی حاکی از سوء استفاده و فساد در آموزش و پرورش و دادن رشوه به خبرنگاران سرسپرده رژیم منفور پهلوی جهت تبلیغ کاذب و دروغی، شکایت حیدر عرفانی که متهمه سبب تبعید وی گردیده و موجب سرگردانی خود و عائله‌اش شده و گزارشی حاکی از این که متهمه چندین میلیون تومان سوءاستفاده نموده و وزارت آموزش و پرورش را وابسته به فرهنگ استعماری آمریکا کرده و اعلام جرم آقای محمد عزیزی که بدون جهت و به علت ضد مردمی نامبرده را بازنشسته نموده و باعث ضرر و زیان مادی و معنوی وی شده است. شکایت مجتبی مدرس تهرانی از متهمه که در زمان وزارت خود مدرسه وی را منحل نموده و باعث آبروریزی مشارالیه شده و منجر به ضرر و زیان زیادی گردیده است و شکایت بانو زهرا عباس‌پور دائر به این که همسر مشارالیه فراش مدرسه رضا پهلوی بوده، چون به «هویدا»ی معدوم در زمان ورود به مدرسه اعتنا نکرده او را از کار برکنار نموده و به همین جهت زندگانی آنها در هم ریخته شده و به آنها ضرر و زیان فوق‌العاده وارد گردیده است. و شکایت خانم اختر علی اسحاب حاکی از این که فرخ‌رو پارسا وزیر نالایقی بوده و به همین جهت معاونین و زیردستان او سوءاستفاده کرده و نارضایتی مردم و فرهنگیان را فراهم نموده و بین آنها تفرقه انداخته است. و گزارشی از ساواک منحله که متهمه چهارصد هزار ریال اجناس، بدون پرداخت گمرک و عوارض برای شخص خود وارد ایران نموده (از مقام خود سوءاستفاده کرده) و نامه‌ای از نصیری معدوم حاکی از تحریک کردن او در مقام وزارت آموزش و نظر به این که در جلسه ۵۰/۱۰/۱۳ حوزه کارمندان حزب ایران نوین به اتفاق آراء متهمه را نالایق در پست وزارت آموزش و پرورش معرفی و باعث تخریب آموزش و پرورش دانسته‌اند و گزارشی از ساواک منحله مبنی بر جلسه هفتگی گروهی از اعضاء حزب مردم دائر بر این که مشارالیه سوء استفاده از مقام خود نموده و مقادیری فرش نفیس با بودجه دولت خریده و آنها را به منزل خود برده است و نظر به این که متهمه با استفاده بودجه دولتی خود همیشه با فرزندان خود در خارج صحبت و مکالمه می‌کرده است.

فرخ‌رو پارسا در دومین جلسه دادگاه به دفاع از خود پرداخت و گفت: «متاسف هستم از این که اتهاماتی به من وارد شده است که دلیل و اساس محکمی ندارد و این عمل باعث تشتت افکار من شده است. در اتهامات وارد شده به من حتی دین مرا مورد تردید قرار داده‌اند و من باید بگویم که مسلمان هستم و شیعه به دنیا آمده‌ام و ان‌شاءالله شیعه از دنیا خواهم رفت.»

وی سپس به شرح مفاد بخشنامه‌هایی که برای تدریس تعلیمات دینی و قران به تمام ادارات و موسسات تابعه وزارت آموزش و پرورش صادر کرده بود پرداخت و در قسمتی از اظهارات خود گفت: «در آن زمان از کسانی امثال دکتر محمدجواد باهنر و آیت‌الله برقعی دعوت به عمل آمد که در تهیه و ترجمه دروس تعلیمات دینی و قرآن با این وزارتخانه همکاری به عمل آورند و کتاب‌های لازم را تهیه نمایند.»

به نوشته روزنامه کیهان در شماره روز ٧ اردیبهشت ۱۳۵۹، فرخ‌رو پارسا در ادامه دفاعیاتش افزود: «راجع به اتهام داشتن روابط نامشروع من با رییس دفترم که در کیفرخواست به آن اشاره شده باید بگویم که به قرآن مجید سوگند می‌خورم که هیچ‌گونه روابطی بجز روابط اداری بین ما حاکم نبوده است.»

وی ادامه داد: «راجع به غارت بیت‌المال که بزرگترین اتهام من است، باید بگویم من این مساله را تکذیب می‌کنم، زیرا در تمام طول خدمت، من نه کار مالی داشتم و نه سروکاری با حساب و دفتر داشتم. این‌ها که به من اتهامات دزدی چند میلیونی وارد کرده‌اند، باید بگویند این پول‌ها را من از چه طریقی و از کجا سرقت کرده‌ام؟»

فرخ‌رو پارسا سپس درباره ایجاد یک شبکه اطلاعاتی در بین معلمان وزارت آموزش و پرورش گفت: «ساواک منحله در زمان وزارت من از من می‌خواست که یک شبکه اطلاعاتی در بین کلیه معلمان ایران به وجود آید تا ساواک بتواند کلیه معلمان را تحت کنترل خود درآورد. هدف از ایجاد چنین شبکه‌ای در بین معلمان مبارزه با پیشرفت کمونیسم بود و من در پاسخ ساواک طرحی ارایه دادم که این شبکه به وجود نیاید و گفتم که راه مبارزه با نفوذ و پیشرفت کمونیسم در بین معلمان و دیگر اقشار جامعه آن است که کتاب‌های ضد کمونیستی بیشتر چاپ و منتشر گردد و از این راه با نفوذ و پیشرفت کمونیسم مبارزه گردد و به خاطر عدم موافقت من با ایجاد شبکه اطلاعاتی در بین معلمان، ساواک در طول دو سال انواع و اقسام شایعات را درباره خروج مقداری لوازم لوکس از گمرک بدون پرداخت حقوق گمرکی ساخت.»

نماینده دادستان در چهارمین جلسه دادگاه رسیدگی به اتهامات فرخ‌رو پارسا گفت: تنها اقدام خانم پارسا در آخر وزارتشان این بوده که با توافقی که با ساواک کرده، قرار گذاشته می‌شود که معلمینی که باید بازداشت شوند در صحن مدرسه یا دبیرستان بازداشت نشوند، بلکه در خارج از محوطه مدرسه آنها را بازداشت نمایند.

فرخ‌رو پارسا در آخرین دفاعیاتش پس از ۹ جلسه محاکمه در مورد اتهامی که به رفتار وی در دیدار با مدیران مدارس مذهبی مطرح شده بود گفت: «سخنان من در جمع مدیران مدارس مذهبی که یکی از شاکیان من در دادگاه عنوان کرد به این صورت بود که من در آن جلسه در مورد حجاب زنان گفتم که حجاب نباید مانع فعالیت‌های اجتماعی زنان گردد. در آن زمان دختران مدارس مذهبی در فعالیت‌های ورزشی اصلاً شرکت نمی‌کردند. من در تمام بخشنامه‌های خود زنان را به پوشیدن لباس‌های سنگین و با حجاب دعوت می‌کردم.»

فرخ‌رو پارسا گفت: «اکنون من به عفو امام چشم دوخته‌ام» اما دادگاه پس از آن وارد شور شد و سرانجام حکم اعدام او را صادر کرد.»